امامت در پرتو نصوص به مناقشه دربارهٔ وجود نص بر امامت و شیوهٔ استدلال به منابع دینی می‌پردازد. رویکرد اثر، نقد اعتقادات شیعه از موضع اهل سنت است؛ بنابراین مباحث و نتیجه‌گیری‌های آن باید در چارچوب همین دیدگاه خوانده شود. ساختار کتاب چهار باب دارد که موضوع امامت را از مسیر روایت‌های تاریخی، آیات قرآن، احادیث و جایگاه صحابه دنبال می‌کنند. باب نخست، روایت‌های مربوط به امامان دوازده‌گانه و ادعای تعیین امام را بررسی می‌کند. اختلاف بر سر جانشینی، ادعاهای امامت در میان اهل بیت و پراکندگی پیروان پس از وفات امامان از موضوعات این بخش است. بحث سپس به مهدی منتظر، اختلاف دربارهٔ ولادت و نام او، غیبت و گزارش‌های مربوط به ظهور می‌رسد. باب دوم به استدلال‌های قرآنی اختصاص دارد و تأویل آیات دربارهٔ امامت و ادعاهای تحریف قرآن را از منظر انتقادی اثر مطرح می‌کند. باب سوم، سند و متن روایت‌هایی مانند حدیث آغاز دعوت، صدقه دادن انگشتر در رکوع، حدیث پرنده، ثقلین و غدیر خم را موضوع بررسی قرار می‌دهد. آیهٔ تطهیر، معنای اهل بیت و مسئلهٔ عصمت نیز در همین بخش جای دارند. باب چهارم به فضائل صحابه، روابط آنان با حضرت علی و ارزیابی روایت‌های مربوط به خلفای نخست می‌پردازد. در پایان، ارزیابی جعفر سبحانی از کتاب و پاسخ فیصل نور آمده است؛ بخشی که ادامهٔ مناظره دربارهٔ استدلال‌های اثر را نشان می‌دهد.