کتاب «داستان موسی و خضر علیهما السلام» به بررسی یکی از آموزنده‌ترین روایت‌های سوره کهف می‌پردازد؛ داستانی که در آن حضرت موسی برای دستیابی به دانشی که از آن آگاهی ندارد، راه سفر در پیش می‌گیرد و در جستجوی بنده‌ای صالح به مجمع البحرین می‌رود. در آغاز کتاب، جایگاه سوره کهف در قرآن کریم و داستان‌های عبرت‌آموز آن معرفی می‌شود. سپس علت سفر حضرت موسی توضیح داده شده و این نکته برجسته می‌گردد که دانش انسان محدود است و حتی صاحبان مقام نبوت نیز آنچه را خداوند به دیگران آموخته است، لزوماً نمی‌دانند. بخش مهمی از اثر به فضیلت علم و دانش اختصاص دارد. با استناد به آیات قرآن، احادیث نبوی و سخنان عالمان اسلامی، ارزش دانش، ضرورت تلاش برای آموختن، تحمل دشواری‌های طلب علم و اهمیت فروتنی در برابر استاد تشریح می‌شود. همچنین موضوعاتی مانند اعتراف به ندانستن، پیوند علم با عمل و آداب رفتار شاگرد با معلم بررسی می‌گردد. کتاب در ادامه به مباحث اعتقادی و تفسیری داستان می‌پردازد؛ از جمله جایگاه حضرت خضر، مفهوم علم لدنی، رابطه حقیقت و شریعت و دیدگاه‌های مختلف درباره تأویل. نویسنده همچنین مباحثی درباره تصوف، توکل، وفای به عهد و رضایت در برابر قضای الهی مطرح می‌کند. داستان کشتی، دیوار متعلق به دو یتیم و دیگر رویدادهای این روایت، زمینه‌ای برای توضیح حکمت الهی، ارزش نیکوکاری و ضرورت پرهیز از داوری شتاب‌زده فراهم می‌سازند. این کتاب خواننده را به تأمل در پیوند میان ایمان، دانش، شکیبایی و مسئولیت اخلاقی دعوت می‌کند.