جلد دوم «الإتقان في علوم القرآن» مجموعه‌ای از مباحث مربوط به فهم، تفسیر و ساختار ادبی قرآن را در بخش‌های موضوعی پی‌درپی عرضه می‌کند. فهرست این جلد از نوع چهل و سوم، دربارهٔ محکم و متشابه، آغاز می‌شود و تا نوع هفتادم، دربارهٔ مبهمات، ادامه می‌یابد. این ترتیب، خواننده را از مسائل معنایی و تفسیری به بررسی شیوه‌های بیان و روابط میان آیات می‌رساند. در بخش‌های نخست، موضوعاتی چون مقدم و مؤخر، عام و خاص، مجمل و مبین، ناسخ و منسوخ، مطلق و مقید و مفهوم و منطوق مطرح می‌شوند. همچنین بخشی به مواردی اختصاص دارد که ظاهر آنها اختلاف یا تناقض را به ذهن می‌آورد. عنوان‌های فرعی، اختلاف اقوال و نکته‌های تکمیلی این مباحث را نیز نشان می‌دهند. بخش گسترده‌ای از جلد به زبان و بلاغت قرآن اختصاص یافته است: حقیقت و مجاز، تشبیه و استعاره، کنایه و تعریض، حصر، ایجاز و اطناب، خبر و انشاء و گونه‌های بدیع. مباحث حذف، تأکید، تکرار، استفهام، امر و نهی نیز در همین مسیر جای می‌گیرند. در ادامه، فواصل آیات، آغاز و پایان سوره‌ها، مناسبت آیات و سوره‌ها و اعجاز قرآن بررسی می‌شوند. علوم استنباط‌شده از قرآن، آیات احکام، امثال، سوگندها و جدل از دیگر موضوعات این جلد هستند. بخش‌های پایانی به نام‌ها، کنیه‌ها، القاب و مبهمات می‌پردازند. این گستره برای خواننده‌ای که می‌خواهد موضوعات علوم قرآن را به‌صورت دسته‌بندی‌شده دنبال کند، مسیر مطالعه‌ای روشن فراهم می‌کند.