«تجلی قرآن در عصر علم» پژوهشی درباره پیوند میان آیات قرآن و دانسته‌های علمی است و می‌کوشد نمونه‌هایی از آنچه نویسنده اعجاز علمی قرآن می‌داند، در حوزه‌های گوناگون توضیح دهد. کتاب پس از بحث درباره راز جاودانگی اعجاز قرآن، اهمیت این مبحث، اهداف انتخاب موضوع و پیشینه پژوهش‌های اعجاز، به مجموعه‌ای گسترده از آیات و پدیده‌های طبیعی می‌پردازد. در بخش‌های آغازین، موضوعاتی چون ستون‌های نامرئی آسمان، حرکت منظم اجرام آسمانی، برزخ میان دریاها، زوجیت موجودات، آغاز آفرینش و ماده اصلی آفرینش مطرح می‌شود. سپس بحث به نظام ماه و خورشید، تقویم هجری قمری، انشقاق قمر، لنگرگاه‌های زمین، روند تکامل زمین، آهن، دینامیک و مسئله معاد گسترش می‌یابد. کتاب همچنین موضوعات مربوط به انسان را دنبال می‌کند؛ از وراثت و ژنتیک، تغذیه، سلول زنده، تعیین جنس نوزاد و تطور جنین تا استخوان‌ها، پوست، آرامش روان و کارکردهای جسمانی. در بخش‌های دیگر، زمین‌شناسی، جهان مرئی و نامرئی، روح، کرویت و دوران زمین، عصر یخبندان، نباتات، اتم و توازن زمین بررسی می‌شود. پایان کتاب به رازهای آسمان و زمین، سفر فضایی، امکان زندگی در آسمان، گسترش مستمر کائنات، مأموریت بادها و نتیجه‌گیری اختصاص دارد. ساختار اثر نشان می‌دهد که هدف آن ارائه خوانشی تطبیقی از آیات علمی قرآن در کنار مفاهیم شناخته‌شده علوم جدید است؛ خوانشی که موضوعات کیهان، زمین، حیات و انسان را در یک مسیر پیوسته کنار هم قرار می‌دهد.