«بررسی علمی در احادیث مهدی» به پرسش‌هایی درباره امامت، روایات مهدویت و مبانی اعتقاد به امام غایب می‌پردازد. فهرست کتاب نشان می‌دهد که بحث با امامت انحصاری آغاز می‌شود و سپس استدلال‌های قرآنی و عقلی برای نقد آن مطرح می‌گردد. موضوع کامل بودن دین و نسبت آن با نیاز به مهدی نیز در همین چارچوب جای می‌گیرد. بخش گسترده‌ای از ساختار اثر به بررسی ابواب مربوط به مهدی در جلد پنجاه‌ویکم بحار اختصاص دارد. ولادت و احوال مادر، نام‌ها و القاب، منع نام بردن، صفات و نسب، و آیات تأویل‌شده به قیام قائم از موضوعات این بخش هستند. پس از آن، فهرست به دلایل اثبات غیبت، اخبار عمرهای طولانی، معجزات نقل‌شده و احوال سفرا و نواب می‌رسد. مسئله ارتباط مردم با امام غایب، چگونگی پیدایش واسطه‌ها و ادعاهای دیدار نیز جایگاه مشخصی در کتاب دارد. علت‌های غیبت، ترس از کشته شدن، حکمت ناشناخته و چگونگی بهره‌مندی از امام غایب، در کنار بحث امتحان، تعیین وقت ظهور و بداء بررسی می‌شوند. فصل‌های پایانی به انتظار فرج، نشانه‌های ظهور، حوادث خروج، مدت حکومت و ویژگی‌های اصحاب اختصاص یافته‌اند. پیشگفتار عرضه‌شده، زمینه بحث را با نقد تبلیغات مذهبی و ادعاهای تغییر مذهب توضیح می‌دهد. لحن آن صریح و جدلی است و خواننده را با موضع انتقادی اثر آشنا می‌سازد. این معرفی بر جلد، فهرست و بخش موجود پیشگفتار تکیه دارد.